膜生物反應器工藝中，膜分離的操作條件類似于傳統(tǒng)膜分離，主要控制因素有進水水質(zhì)、膜面流速、溫度、操作壓力、pH 值、MLSS 等。
膜生物反應器系統(tǒng)宜在 15℃～35℃下運行。通常，溫度上升，膜通量增大，這主要是因為溫度升高后降低了活性污泥混合液的粘度，從而降低了滲透阻力。在控制活性污泥混合液特性基本不變的情況下，膜通量隨著壓力的增加而增加；但當壓力達到一定值，即濃差極化使膜表面溶質(zhì)濃度達到極限濃度時，繼續(xù)增大壓力幾乎不能提高膜通量，反而使膜污堵加劇。浸沒式 MBR 的跨膜壓差不宜超過 0.05MPa。溶解氧是影響有機物去除效果的重要因素。特別是在以除磷脫氮為目的的情況下， 溶解氧的濃度控制顯得尤為重要。在不同的膜生物反應器工藝類型中，混合液以各種形式在生物反應池內(nèi)形成好氧、缺氧及厭氧段。反應池各段 DO（溶解氧） 的控制范圍為：厭氧段在 0.2mg/L 以下，缺氧段在0.2mg/L～0.5mg/L 之間，好氧段溶解氧濃度宜不小于 2mg/L。壓力較低時膜面流速對膜通量影響不大，壓力較高時膜面流速對膜通量影響很大。隨著膜面流速的增加，膜通量也增加，尤其是當壓力比較高的時候。這是因為膜面流速的提高一方面可以增加水流的剪切力，減少污染物在膜表面的沉積；另一方面流速增大可以提高對流傳質(zhì)系數(shù)，減少邊界層的厚度，減小濃差極化的影響。另外，膜面流速對膜面沉積層的影響程度還與料液中污泥濃度有關，在污泥濃度較低時，膜滲透速率與膜面流速呈線性增加。但當污泥濃度較高時，膜面流速增加到一定的數(shù)值后，對沉積層的影響減弱，膜通量增加的速度減小。對于外置式 MBR，運行條件盡可能控制在低壓、高流速，膜面流速宜保持在 3m/s～5m/s。這樣做不僅有利于保持較高的水通量，而且有利于膜的保養(yǎng)和維護，減少膜的清洗和更換。浸沒式 MBR 好氧區(qū)（池）污泥濃度宜控制在 3000mg/L～20000mg/L。一般來說，在一定的膜面流速下，當料液中污泥濃度增加時，由于污泥濃度過高，污泥易在膜表面沉積形成厚的污泥層，導致過濾阻力增加，使膜通量下降。但是，料液中污泥濃度也不能太低，否則污染物質(zhì)降解速率低，同時活性污泥對溶解性有機物的吸附和降解能力減弱，使得混合液上清液中溶解性有機物濃度增加，易被膜表面吸附，導致過濾阻力增加，膜通量下降。因此，應當維持料液中適中的污泥濃度，過高或過低都會使水通量減小。進水水溫低于 8℃時，活性污泥的活性受到一定的影響，此時要適當降低出水量，保證污水中有機物在反應池內(nèi)得到充分的降解，從而確保出水水質(zhì)，減緩膜堵塞。在氣溫發(fā)生突變的季節(jié)中尤其要注意觀察出水水質(zhì)，如出水水質(zhì)有突變時，要減少適當出水量、增加曝氣時間。正常運行時，應極力避免對微生物新陳代謝有抑制作用的消毒液、消毒劑混入生物反應池中。防止設備中微生物的正常生物機理受到破壞，導致出水惡化。當污水中含有大量的合成洗滌劑或其他起泡物質(zhì)時，膜生物反應池會出現(xiàn)大量泡沫，此時可采取噴水的方法解決，但不要向反應池內(nèi)加入含有油性物質(zhì)的消泡劑來去除泡沫，也不可使用硅膠系列消泡劑。硅膠系列消泡劑被吸附到膜表面，會加快膜間差壓的上升，使膜堵塞。此時，即使用藥液清洗也很難恢復壓差，需要更換膜。MBR法工藝系統(tǒng)應定期排放一定量的剩余污泥。排泥量可根據(jù)污泥沉降比、混合液污泥濃度、活性污泥的有機負荷或污泥齡來確定。膜污染是污水中的懸浮顆粒、膠體等在膜表面沉積，造成膜孔堵塞的現(xiàn)象。
膜一旦與料液接觸， 污染即開始，由于溶質(zhì)與膜之間相互作用產(chǎn)生吸附，開始改變膜特性。
對于微濾膜，這一影響不十分明顯，以溶質(zhì)粒子的聚集與堵孔為主；而對于超濾，如膜材料選擇不當，影響相當大，與初始純水通量相比，可降低 20%～40%。
尤其在低流速、高溶質(zhì)濃度情況下，溶質(zhì)在膜表面達到或超過飽和溶解度時，便有凝膠層形成，導致膜的透過量不依賴于所加壓力，引起膜透過量的急劇降低，因此在此種狀態(tài)下運行的膜，使用后必須清洗，以恢復其性能。
① 對膜生物反應池系統(tǒng)進水進行預處理，去除其中的粗大顆粒；③ 縮短出水泵抽吸時間或延長停吸時間和增加曝氣量均有利于減緩膜污染。
對膜進行空氣清洗可以除去表面雜質(zhì)，孔中的雜質(zhì)可用水反洗將其排出。水反洗是用過濾水從反洗罐中泵到抽水管中，根據(jù)膜種類的不同，一般每 10 分鐘～24 小時反洗一次。當水反洗無效果時，為了保持膜的良好性能，有必要使用化學清洗方法去除污染物。膜的化學清洗依據(jù)污染物的具體情況有所不同，使用的清洗藥劑也不一樣。化學清洗時，選擇化學藥品的原則一是不能與膜及其他組件材質(zhì)發(fā)生任何化學反應，二是不能因為使用化學藥品而引起二次污染。
